Trong màu áo HAGL và TP HCM, Công Phượng đã chạm trán với Hà Nội FC rất nhiều lần. Tiền đạo gốc Nghệ An chơi rất tốt với 4 bàn thắng và 1 kiến tạo, tuy nhiên, một điều kỳ lạ là mỗi khi Công Phượng đá chính và nổ súng, đội bóng của anh lại gặp kết quả bất lợi.
Năm 2015, khi HAGL và Hà Nội gặp nhau tại V.League, Công Phượng đã có một bàn thắng và 1 pha kiến tạo. Bản thân các cầu thủ phố Núi cũng chơi rất tốt nhưng phải chịu thất bại 3-4 trước một tập thể già dơ với những Văn Quyết, Thành Lương, Gonzalo hay Hoàng Vũ Samson.
Năm 2018, HAGL và Hà Nội gặp nhau tới 4 lần. Công Phượng ghi được 2 bàn thắng ở những trận đấu đó. Tuy nhiên, đội bóng phố Núi vẫn thất bại với tỷ số 3-5 ở V.League sau cuộc rượt đuổi ngoạn mục. Tại đấu trường Cúp Quốc gia, tiền đạo sinh năm 1995 "nổ súng" ở trận lượt đi nhưng sau đó HAGL vẫn bị loại với tổng tỷ số 3-3 (thua hiệu số bàn thắng sân nhà - sân khách).
Ở đầu năm 2020, Công Phượng đứng trước cơ hội lớn để giành danh hiệu đầu tiên tại Việt Nam trong sự nghiệp khi góp mặt trong trận tranh Siêu cúp Quốc gia cùng TP HCM. Anh ghi bàn thắng rất đẹp từ pha sút xa giúp đội nhà vươn lên dẫn trước. Nhưng kết cục thì vẫn giống những lần trước, TP HCM để Hà Nội FC lội ngược dòng, chịu thất bại chung cuộc với tỷ số 1-2.
Ngoại lệ đến vào năm 2017, khi Công Phượng vào sân từ băng ghế dự bị rồi ghi bàn giúp HAGL chiến thắng 3-2 và trụ hạng thành công tại V.League.
Vòng 11 V.League 2020, TP HCM sẽ gặp lại Hà Nội trên sân Thống Nhất. Công Phượng sẽ có cơ hội "phục thù" sau những lần nếm trái đắng trước đại diện thủ đô.